En la segunda mitad del siglo XV se produjo un gran aumento de población en la Universidad de Irún-Uranzu, por lo que se decidió agrandar la pequeña iglesia existente en el alto de Beraun.

La leyenda cuenta que junto a la iglesia de Beraun se fueron amontonando los materiales necesarios para la ampliación, pero por las noches misteriosamente aparecían en el juncal, donde un siglo atrás habia sido encontrada la imagen de la Virgen. Para evitar esto una persona hizo guardia con la mala fortuna de quedar ciego mientras que en el juncal aparecían piedras de gran tamaño y pesadas vigas. Ante estos poderes sobrenaturales que determinaban el punto fijo donde se debía edificar la iglesia, se construyó un edificio de nueva planta en el sitio que hoy conocemos y se desistió de ampliar la vieja iglesia.

La construcción de la nueva iglesia se encontró con grandes dificultades, tanto de tipo económico como de carácter militar. Las autoridades de Fuenterrabía consideraban un peligro para la defensa la proximidad de un edificio sólidamente construido que pudiera ser lugar en que se hiciera fuerte el enemigo en caso de invasión.

Sin embargo el proyecto salió adelante y fue el propio gobernador de Fuenterrabía, don Hurtado de Luna, quien el 4 de diciembre de 1508 colocó la primera piedra. En la construcción participó todo el pueblo, quien que no podía contribuir con dinero lo hacía con prestación personal, arrancando piedras de las canteras de Jaizkibel, transportándolas en gabarras desde el pie del monte hasta la obra, sacando arena del río, cortando árboles, etc. A pesar del esfuerzo las obras fueron muy lentas, tanto por la escasez de dinero como por las continuas guerras.

Pasó un siglo desde que se colocara la primera piedra hasta que en 1606 se remató la obra principal al colocar el globo y la veleta. Por el tiempo que duró la construcción de la iglesia se explica la diferencia de estilos que se observan en el edificio: desde el gótico decadente de fines del XV, hasta el gótico vasco o renacentista vasco del XVI, en su segunda mitad y el barroco de la portada que es del siglo XVII.

El templo mide 45 metros de largo y su anchura es de 24 metros, con una altura de 22 metros. Presenta planta de salón o basilical con un ábside de testero plano, la capilla mayor, de planta rectangular, pasa a tener forma poligonal en la bóveda. Tiene tres naves de igual altura y distinta anchura utilizando como apoyos grandes columnas clásicas.

La parte más antigua corresponde al ábside, donde se pueden apreciar caracteres góticos en bases de las columnas adosadas a los muros. Por otra parte, las pilastras y columnas embebidas de las naves laterales tienen pequeños capiteles, que podrían ser debidos a la intención original de que las naves laterales fueran más bajas que la central, característica del gótico. Finalmente se optó por que las tres naves fueran de la misma altura, característico del gótico vasco.

De las bóvedas, de crucería muy complicada, que se apoyaban en dos únicas columnas clásicas de gran diametro, sólo se conservan las del ábside y la del coro, habiendo sido sustituidas las de las naves por otras a principio del siglo XX.

Las ventanas y vidrieras se abrieron avanzado el siglo XVII.

El exterior es una mole de piedra de sillería, con contrafuertes en los muros y carente de ornamentación, excepto la portada barroca y varias gárgolas góticas. Junto a la portada adosada al edificio está la torre, de base cuadrangular y con tres cuerpos. En el último están las campanas y el reloj. Se remata con un calado o crestería con pirámide en los vértices y en el centro una garita que asemeja la torre a una fortaleza militar.

El retablo de Nuestra Señora del Juncal

El retablo barroco del altar mayor es un notable obra artística, que fue diseñado por Bernabé Cordero y ejecutado por Juan Bascardo y Domingo Zatarain a mediados del siglo XVII. El dorado y policromado no se realizó hasta un siglo más tarde. El retablo relata historias de la Pasión, así como momentos de la vida de la Virgen.

En la parte central del retablo está el camarín de la Virgen del Juncal, en el que se encuentra la imagen románica, probablemente del siglo XII. Es una Virgen trono, de tradición bizantina, con el Niño entre las rodillas que mira al frente.

Para más información consultar la bibliografia: 

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